这部3D动画制作的主要剧情讲述是怪兽与外星人的世界大战，但影片却把3D特效着重使用在一开篇让人惊艳的银河星群以及随后出现的第一位人类手中把玩的溜溜球上，这难免让观众有些摸不着头脑。而之后话题急转至性感的苏珊与天气预报男戴瑞克的婚礼上。结婚当天，由于苏珊意外被外太空飞落的陨石击中，受到房地产三维动画宣传片辐射，瞬间生长为50英尺高的女巨人。婚礼现场一片混乱，正当苏珊为无法嫁给戴瑞克而感到伤心之时，突如其来的政府职员用绳索把苏珊捆绑起来，迅速转移到专门关押怪兽的终极监狱之中。陨石不但改变了苏珊的身高，还把她的头发全部变成白色，但相比起监狱中的其它怪兽，苏珊外形已尚算正常。因为在这所外界毫不知晓的监狱里，还关着一只没有固定形态却“无坚不摧”的独眼蓝色物体，它能够吞噬周围所触碰到的一切物质；一只拥有博士学位的迷你蟑螂科学家，一只长得抱歉，名为“失落怪”的半人半两栖动物混合体，还有一只名叫虫恐龙的巨型幼虫，它不知是何种虫类，但体形却是超女蜜卡身高的七倍。由于常年被困于监狱之中，他们对监狱生活早已习以为常。于是对于新来的成员从超女蜜卡非常友善，闲谈之中，可以感受到他们那乐观幽默的性格。而上天似乎还是眷顾着这几只乐观向上的怪兽的，一次来自外太空机器人的侵袭给了怪兽们重获新生的机会。就在总统选择用《第三类接触》的主题音乐与外星人进行和平沟通的计划宣告失败并引发机器人与地面军队大战之后，多年以来负责看守怪兽监狱的威猛将军向总统献策，让怪兽代替人类军队，对战外星机器人。如果怪兽们成功击退外星人，他们便可赢得自由。

总的来说，《大战外星人》这部片子的总体构想要比拍摄出的成品层次稍高一些。怪兽与外太空入侵者的对决永远是很有吸引力的情节，这部有趣的动画也不例外。而此次梦工厂的动画比起早前几部大制作，显得更为贴近儿童。许多看过影片的影迷都很纳闷，为何这样的题材早没人想到。尤其是片中独一无二的基因突变的怪兽、那只狂妄无比、幻想着统治地球的外星人的夸张外形以及让人毛骨悚然的四只眼球，在3D效果的展现下尤其抢眼，也成为了此片吸引观众的一大亮点。虽说在此片上映的同一档期内也没有其他强有力的竞争对手，但此次票房之所以成功，梦工厂的房地产三维动画宣传片大力宣传可是至关重要的。虽说可播放3D动画的电影院并没有梦工厂早期预料得多，但他们精心制作的宣传片以及海报似乎占据了整个春季市场，而持续不断的宣传以及拍摄续集的可能性也成为影片上映前就备受关注的原因之一。

　　“消灭所有怪兽！” 此次变成了入侵地球外星人的终极任务。这样的情节与1968年一部日本电影有着异曲同工之处。影片导演罗伯・莱特曼（影片《鲨鱼故事》的编剧与导演） 与康拉德・弗农（影片《怪物史瑞克2》的导演）在动画拍摄方面都是颇有经验的导演，在这次影片中本采用一些前所未有的新奇物种充当房地产三维动画宣传片救世英雄的角色，只是在效仿50年代就已经出现的旧桥段――几只科学怪兽成为抵抗外星巨型机器人的主力军。